Terdapat juga pelbagai warna botol wain, dan warna yang berbeza mempunyai kesan pemeliharaan yang berbeza pada wain. Umumnya, botol wain telus digunakan untuk mencerminkan warna wain yang berbeza, dengan itu menarik perhatian pengguna. Botol wain hijau secara berkesan dapat melindungi wain dari kerosakan radiasi ultraviolet, dan botol wain coklat dapat menapis lebih banyak sinar, yang lebih sesuai untuk wain yang dapat disimpan untuk waktu yang lama.
